从 nucl blastdb 中提取 fasta 序列

你可以使用 blastdbcmd 从 fasta 文件构造的 blastdb 中提取 fasta 序列，blastdbcmd 应该在安装 makeblastdb 时安装。

blastdbcmd -entry all -db <database label> -out <outfile>

如果你有一个名为 my_database 的数据库，其中包含文件 my_database.nhr，my_database.nsq，my_database.nin，并且你希望将你的 fasta 输出文件称为 reference.fasta，则运行以下命令：

blastdbcmd -entry all -db my_database -out reference.fasta