创建 DNA blastdb

为了将查询序列与参考序列进行比较，你必须创建引用的 blastdb。这是使用 makeblastdb 完成的，当安装爆炸时包含 makeblastdb。

makeblastdb -in <input fasta> -dbtype nucl -out <label for database>

所以如果你有一个文件 reference.fasta 包含以下记录：

>reference_1
ATCGATAAA
>reference_2
ATCGATCCC

你将运行以下内容：

makeblastdb -in reference.fasta -dbtype nucl -out my_database

这将创建以下文件：

• my_database.nhr
• my_database.nin
• my_database.nsq

注意，数据库文件标有 -out 参数。