從儲存庫下載並安裝軟體包

包是以明確定義的格式的 R 函式，資料和編譯程式碼的集合 。公共（和私有）儲存庫用於託管 R 包的集合。CRAN 提供最大的 R 包集合。

使用 CRAN

可以使用以下程式碼從 CRAN 安裝軟體包 ：

install.packages("dplyr")

其中 dplyr 被稱為字元向量。

通過使用組合函式 c() 並傳遞一系列包名稱的字元向量，可以一次安裝多個包：

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

在某些情況下，install.packages 可能會提示 CRAN 映象或失敗，具體取決於 getOption("repos") 的值。要防止這種情況，請將 CRAN 映象指定為 repos 引數：

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

使用 repos 引數，也可以從其他儲存庫安裝。有關所有可用選項的完整資訊，請執行 ?install.packages。

大多數軟體包都需要在其他軟體包中實現的功能（例如軟體包 data.table）。為了安裝包（或多個包）包含此給定包使用的所有包，引數 dependencies 應設定為 TRUE）：

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

使用 Bioconductor

Bioconductor 擁有大量與 Bioinformatics 相關的軟體包。他們提供以 biocLite 功能為中心的自己的包管理：

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

預設情況下，這會安裝提供最常用功能的軟體包子集。可以通過傳遞包名稱的向量來安裝特定包。例如，要從 Bioconductor 安裝 RImmPort：

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")