將 sam 轉換為 bam（並再次返回）

Samtools 可用於在 sam 和 bam 之間進行轉換：

• -b 表示輸入檔案將採用 BAM 格式
• -S 表示標準輸出應該是 SAM 格式

samtools view -sB thing.bam > thing.sam

並在山姆和巴姆之間轉換：

samtools view thing.sam > thing.bam
samtools sort thing.bam thing
samtools index thing.bam

這將生成一個已排序的索引 bam。這將建立檔案 thing.bam 和 thing.bam.bai。要使用 bam，你必須擁有索引檔案。