基本的 R-markdown 文档结构

R-markdown 代码块

R-markdown 是一个 markdown 文件，带有嵌入的 R 代码块，称为块。有两种类型的 R 代码块： 内联和块。

**** 使用以下语法添加内联块：

`r 2*2`

对它们进行评估并将其输出答案插入到位。

块的块具有不同的语法：

```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}

2*2

````

他们有几种可能的选择。这是主要的（但还有很多其他）：

• echo （boolean）控制块中的代码将包含在文档中
• include （布尔）控件输出应该包含在文档中
• fig.width （numeric）设置输出数字的宽度
• fig.height （数字）设置输出数字的高度
• fig.cap （字符）设置图标题

它们以简单的 tag=value 格式编写，如上例所示。

R-markdown 文档示例

下面是 R-markdown 文件的基本示例，说明了 R 代码块嵌入 r-markdown 的方式。

# Title #

This is **plain markdown** text.

```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}

## Just declare variables

income <- 1000
taxes  <- 125

```

My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.

Below is the sum of money I will have left:

```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}

gain <- income-taxes

gain

```

```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}

pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))

```

将 R-markdown 转换为其他格式

R knitr 包可用于评估 R-markdown 文件中的 R 块并将其转换为常规 markdown 文件。

要将 R-markdown 文件转换为 pdf / html，需要执行以下步骤：

1. 使用 knitr 将 R-markdown 文件转换为 markdown 文件。
2. 使用 pandoc 等专用工具将获得的 markdown 文件转换为 pdf / html。

除了上面的 knitr 包之外还有包装函数 knit2html() 和 knit2pdf()，它们可用于生成最终文档而无需手动将其转换为 markdown 格式的中间步骤：

如果上面的示例文件保存为 income.Rmd，则可以使用以下 R 命令将其转换为 pdf 文件：

library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")

最终文件将类似于下面的文件。