计算序列的 GC

在分子生物学和遗传学中，GC 含量（或鸟嘌呤 - 胞嘧啶含量，简称 GC％）是 DNA 分子中含氮碱基的百分比，即鸟嘌呤或胞嘧啶（来自四种不同的可能性，也包括腺嘌呤和腺嘌呤）。胸腺嘧啶）。

使用 BioPython：

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> from Bio.SeqUtils import GC
>>> my_seq = Seq('GATCGATGGGCCTATATAGGATCGAAAATCGC', IUPAC.unambiguous_dna)
>>> GC(my_seq)
46.875

使用 BioRuby：

bioruby> require 'bio'
bioruby> seq = Bio::Sequence::NA.new("atgcatgcaaaa")
==> "atgcatgcaaaa"
bioruby> seq.gc_percent 

==> 33

使用 R：

# Load the SeqinR package.
library("seqinr")
mysequence <- s2c("atgcatgcaaaa")
GC(mysequence)

# [1] 0.3333333

使用 Awk：

echo atgcatgcaaaa |\
awk '{dna=$0;  gsub(/[^GCSgcs]/,""); print dna,": GC=",length($0)/length(dna)}'

# atgcatgcaaaa : GC= 0.333333