使用 AWK 线性化 FASTA 序列

逐行阅读

awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa

可以将此 awk 脚本读作：

• 如果当前行（$0）像 fasta 标题（^>）那样开始。然后我们打印一个回车符，如果这不是第一个序列。(N>0?"\n":"") 跟随线本身（$0），接着是制表（\t）。我们寻找下一行（next;）
• 如果当前行（$0）没有像 fasta 标头那样启动，则这是默认的 awk 模式。我们只是打印整行，没有回车。
• 最后（END）我们只打印最后一个序列的回车符。