GCT

所述 GCT 文件格式是用于描述处理的基因表达或 RNAi 数据，典型地从微阵列芯片分析得到的制表符分隔的文本文件格式。该数据排列为每行一个带注释的基因或探针，每列一个芯片样品（超出注释列）。例如：

#1.2            
22215    2        
Name    Description    Tumor_One    Normal_One
1007_s_at    DDR1    -0.214548    -0.18069
1053_at    RFC2    0.868853    -1.330921
117_at    HSPA6    1.124814    0.933021
121_at    PAX8    -0.825381    0.102078
1255_g_at    GUCA1A    -0.734896    -0.184104
1294_at    UBE1L    -0.366741    -1.209838

在此示例中，第一行指定 GCT 文件规范的版本，在本例中为 1.2。第二行指定数据行数（22215）和样本数（2）。标题行指定两个注释列（芯片探针组标识符为 Name，探针组覆盖的基因符号为 Description）和待测样品的名称（Tumor_One 和 Normal_One）。标题之外的每行数据列出单个探针组标识符（在这种情况下，Affymetrix 基因芯片探针组），其相应的基因符号（如果存在），以及每个样品的标准化值。样品数据值将根据测定类型和标准化方法而变化，但通常是带符号的浮点数值。