将 sam 转换为 bam（并再次返回）

Samtools 可用于在 sam 和 bam 之间进行转换：

• -b 表示输入文件将采用 BAM 格式
• -S 表示标准输出应该是 SAM 格式

samtools view -sB thing.bam > thing.sam

并在山姆和巴姆之间转换：

samtools view thing.sam > thing.bam
samtools sort thing.bam thing
samtools index thing.bam

这将生成一个已排序的索引 bam。这将创建文件 thing.bam 和 thing.bam.bai。要使用 bam，你必须拥有索引文件。